高效液相色譜儀的溶劑成本高于氣相色譜儀，易污染環境。高效液相色譜儀的梯度洗脫操作比氣相色譜儀復雜。高效液相色譜儀的檢測器不如氣相色譜儀的檢測器。高效液相色譜儀不能替代氣相色譜儀分離組成十分復雜的物質。高效液相色譜儀不能替代中、低壓柱色譜儀分離受壓易分解、變性的具有生物活性的生化樣品。

氣相色譜儀原理：

氣相色譜法是利用氣體作流動相的色層分離分析方法。汽化的試樣被載氣（流動相）帶入色譜柱中，柱中的固定相與試樣中各部份分子作用力不同，各部份從色譜柱中流出時間不同，部份彼此分離。采用適當的鑒別和記錄系統，制作標出各部分流出色譜柱的時間和濃度的色譜圖。根據圖中表明的出峰時間和順序，可對化合物進行定性分析；根據峰的高低和面積大小，可對化合物進行定量分析。具有效能高、靈敏度高、選擇性強、分析速度快、應用廣泛、操作簡便等特點。適用于易揮發有機化合物的定性、定量分析。對非揮發性的液體和固體物質，可通過高溫裂解，氣化后進行分析。可與紅光及收光譜法或質譜法配合使用，以色譜法做為分離復雜樣品的手段，達到較高的準確度。是司法鑒定中檢測有機化合物的重要分析手段。

液相色譜儀原理：

液相色譜法就是用液體作為流動相的色譜法。1906 年植物學家茨維特（M.S.Tswett）將植物色素提取液加到裝有碳酸鈣微粒的玻璃柱子上部，繼而以石油醚淋洗柱子，結果使不同的色素在柱中得到分離而形成不同顏色的譜帶，每個色帶代表不同的色素。從此，這類方法均稱為色譜法。隨著色譜技術的發展，色譜法不僅可以用于分離有色物質，而且廣泛地運用于分離無色物質，尤其是有機化合物