超純水設備中，離子交換樹脂很重要，它的性能與水電阻率、電導率、水中各種陰陽離子數有直接關系。因此，離子交換樹脂的保養很重要。

    首先，超純水設備中離子交換樹脂的貯存。 離子交換樹脂含有一定水份，貯存時，不宜露天存放，儲運過程中應保持濕潤，以免風干脫水，使樹脂破碎，如貯存過程中樹脂脫水了，應先用濃食鹽水（10%）浸泡，再逐漸稀釋，不得直接放入水中，以免樹脂急劇膨脹而破碎，而影響樹脂性能。同時，貯存溫度因保持在5-40℃，避免過冷或過熱，影響質量，若冬季沒有保溫設備時，可將樹脂貯存在食鹽水中，食鹽水濃度可根據氣溫而定。

    其次，超純水設備中離子交換樹脂的清洗。在樹脂生產或使用過程中，可能吸收到鐵、鉛、銅等無機雜質（主要鐵銹）。當樹脂接觸到水、酸、堿或其它溶液（如酒精，雙氧水等）時會溶于其中。此外，反應過的樹脂，可以用相應的酸或堿或鹽溶液與反應，使樹脂恢復離子交換活力，其中不同類型的樹脂，用的溶液略有不同。

    最后，超純水設備中的離子交換樹脂是有機物，因此油污、有機分子、微生物等對它有損害作用，因此在離子交換樹脂處理水之前，對水進行預處理，去除水中的油污等。一般來說，酸性樹脂防金屬，可以用4-5%的稀鹽酸浸泡；堿性樹脂防有機物污染，可用10%NaC1+2-5%NaOH混合溶液浸泡或淋洗到中性，必要時可用1%雙氧水溶液泡數分鐘，其它，也可采用酸堿交替處理法，漂白處理法，酒精處理及各種滅菌法等等。

    另外，在超純水設備或超純水機在使用過程中，注意檢測水的電阻率、電導率，條件充許的情況下，可以檢測水中離子的含量是否在正常范圍之內。