一、流動相的pH應在使用范圍內
以硅膠為基質的反相色譜柱的pH范圍為2~9，流動相超過其pH范圍將會導致硅膠基質流失和鍵合相碳鏈斷裂，使柱效下降，壽命變短。
二、去除樣品和流動相匯總的固體顆粒
樣品和流動相中含有固體顆粒物質會堵塞色譜柱篩板，不僅會引起柱壓的升高，而且也會引起柱效下降。因此，建議使用超純水和色譜純試劑，在分析前對樣品進行針筒過濾，流動相過0.45um濾膜。
三、使用保護柱或在線過濾器
保護柱和在線過濾器上都有篩板，其孔徑與色譜柱篩板孔徑相同，因此可以阻止固體顆粒物質到達色譜柱，有效防止色譜柱篩板的堵塞。由于柱壓升高在分析故障中占很大比例，因此除對樣品和流動相進行過濾外，建議您在色譜柱進樣端加上保護柱或在線過濾器。
四、正確使用緩沖鹽
緩沖鹽使用不當會使其在流動相（含有機溶劑）中析出，堵塞填料基質上的微孔和顆粒間的空隙，使填料板結，柱壓上升；同時阻礙了基質上的鍵合的碳鏈自由舒展，使用色譜柱的保留能力下降，柱效降低。
建議使用前要過濾，使用后要沖洗。具體方法如下：
1、等度條件：使用緩沖鹽前和使用后需要過濾流動相1.0ml/min流速沖洗60min.
2、梯度條件：用含有緩沖鹽的流動相跑梯度之前，用與初始流動相組成相同的過濾流動相似1.0ml/min流速沖洗60min；分析完成后，再用該過濾流動以1.0ml/min沖洗色譜柱120min。含緩沖鹽流動相的梯度設定應盡量平緩，以避免梯度過程中緩沖鹽析出。
五、柱清洗方法：
1、未使用緩沖鹽：每天分析完成后，用純甲醇或純乙腈反向沖洗色譜柱60min。
2、使用過緩沖鹽：分析完成后，先后用上述方法除去緩沖鹽，然后再用純甲醇或乙腈反向沖洗色譜柱60min。